Erinevalt nt loomakasvatusest polnud vesiviljeluse kohta seniajani olemas Euroopa Liidu määrusega kehtestatud ühesuguseid nõudeid. Pärast pikki arutelusid jõustus Komisjoni määrus (EÜ) 710/2009, millega kehtestati mahepõllumajanduslike vesiviljelusloomade ja merevetikate tootmise üksikasjalikud eeskirjad. Ka praegu saab turult osta ökomärgiga kala- või vetikatooted, kuid nende tootmiseeskirjad on kehtestatud mahekontrollorganisatsioonide poolt ning eri organisatsioonide eeskirjad võivad omavahel suurel määral erineda. Arvestades vesiviljeluse tähtsuse suurenemist, oli hädavajalik ühesuguste miinimumnõuete kehtestamine Euroopa Liidu tasandil. Mitmetes riikides, sealhulgas Eestis mahevesiviljeluse kohalikke eeskirju pole, seega pole meil seni olnud võimalik ka mahepõllumajanduslik vesiviljelus. Määrus (EÜ) 710/2009 kohaldub alates 1. juulist 2010. Preagu hakkab meie Põllumajandusministeerium ette valmistama määrust, et kõigil huvilistel oleks tuleval suvel võimalik mahepõllumajandusliku vesiviljelusega alustada.

Määrusega (EÜ) 710/2009 reguleeritakse merevetikate ja levinumate vesiviljelusloomade kasvatamist, sh on nõuded kasvutingimustele, söödale, veterinaarravile jne. Põhimõtteks on loomade heaolu: neil peab olema piisavalt ruumi, sobivad temperatuuri- ja valgustingimused, puhas vesi ja piisavalt hapnikku. Keelatud on kinnise veekasutusega tootmisrajatised, v.a haudemajad ja edasikasvatusrajatised. Sätestatud on ka see, et kasvatada tohib vaid kohalikke liike. Sarnaselt maheloomakasvatusega on ka vesiviljeluses vajadusel lubatud teatud hulgal sisse tuua mittemahepõllumajanduslikke vesiviljelusloomi. Eri liikidele on sätestatud erinev maksimaalne asustustihedus. Keelatud on hormoonide ja nende derivaatide kasutamine ning piirangud on seatud veterinaarravile. Mahesööda puudumisel on röövtoiduliste kalade puhul kuni 2014. aastani lubatud kasutada tavasööta, mille kogus ei ületa 30% päevasest söödakogusest. Näiteks karpkalade põhisööt on aga tiikides ja järvedes leiduv looduslik sööt, lisaks võib vajadusel kasutada mahepõllumajanduslikku päritolu taimset sööta. Lubatud söödalisandid ja abiained ning desinfitseerimisained on loetletud määruse lisades. Nagu ka muu mahetootmise puhul, rakendub vesiviljeluses üleminekuaeg.

Mitmed Euroopa kontrollorganisatsioonid on uue määruse suhtes võrdlemisi kriitilised. Nii rõhutab nt Saksamaa Naturlandi üks juhtidest Hans Hohenester, et uued eeskirjad on vaid madalaim ühine nimetaja ning paljud olulised aspektid on määruses liiga üldiselt sõnastatud. Suurim järeleandmine on läbirääkimiste käigus tehtud maksimaalses asustustiheduses. Naturlandi reeglites, mis on jõus olnud 12 aastat, on näiteks mageveega lõhekasvandustes lubatud kalade asustustihedus uue määruse omast (20 kg/m3) kaks korda väiksem.
Komisjon kavatseb vesiviljeluse eeskirjad aastaks 2013 üle vaadata, see tähendab ilmselt lisanduvaid nõudeid ja praeguste nõuete täpsustumist.